Đông Quán Hán ký trước sau có 4 lần biên soạn bổ túc:
Thời Minh đế, Ban Cố cùng 3 người Trần Tông, Doãn Mẫn, Mạnh Dị thụ mệnh biên soạn Thế tổ bản kỷ, ghi chép cố sự về công thần của Quang Vũ đế và Lục Lâm, Tân Thị, Công Tôn Thuật, làm ra 28 thiên liệt truyện, tái ký , còn có sự tham gia của 4 người Đỗ Phủ, Mã Nghiêm, Lưu Phục, Giả Quỳ . Đây là lần biên soạn sơ bộ của Đông Quán Hán ký.
Trong những năm Vĩnh Ninh (120 – 121) thời An đế, Đặng thái hậu hạ chiếu mệnh cho bọn Lưu Trân, Lý Vưu, Lưu Đào Đồ (con Lưu Phục), Lưu Nghị trước tác Trung hưng dĩ hạ danh thần liệt sĩ truyện, ngoài ra còn có các ghi chép về Kỷ, Biểu, Ngoại thích... bắt đầu từ niên hiệu Kiến Vũ (25 – 56) đến niên hiệu Vĩnh Sơ (107 – 113). Bộ sách bắt đầu được gọi là Hán ký. Không lâu sau, địa điểm công tác được dời đến Đông Quán thuộc Nam Cung. Sau đó Lưu Trân, Lý Vưu nối nhau qua đời, bọn Phục Vô Kỵ, Hoàng Cảnh phụng mệnh tiếp tục biên soạn các ghi chép về Chư vương, Vương tử, Công thần, Ân trạch hầu biểu, Hung Nô Nam Thiền vu, Tây Khương truyện, Địa lý chí. Đây là lần biên soạn quy mô đầu tiên .
Năm Nguyên Gia đầu tiên (151) thời Hoàn đế, Biên Thiều, Thôi Thực, Chu Mục, Tào Thọ thụ mệnh tiếp tục biên soạn Hiếu Mục hoàng truyện [1], Hiếu Sùng hoàng truyện [2] và Thuận Liệt hoàng hậu truyện [3]; còn cố sự về An Tư hoàng hậu và những người liên quan [4] vào Ngoại uy truyên; những người như Thôi Triện vào Nho lâm truyện. Thôi Thực, Tào Thọ lại cùng Duyên Đốc làm Bách quan biểu và truyện về các công thần của Thuận đế là Tôn Trình, Quách Trấn, còn có truyện về Trịnh Chúng, Thái Luân. Tổng cộng đã soạn được 114 thiên .
Trong những năm Hi Bình (172 – 178), bọn Thái Ung, Mã Nhật Đê, Dương Bưu, Lư Thực, Hàn Thuyết, Lưu Hồng kế tục việc soạn sách, làm Linh đế kỷ và 42 thiên liệt truyện. Thái Ung dựa vào bản thảo Cựu nghi của thầy là Hồ Quảng mà soạn thành bản thảo 10 chí. Sau khi vào Đông Quán, Ung lập tức cùng Trương Hoa, Lưu Hồng tiếp tục biên soạn 10 chí. Nhưng Thái Ung bị đày đi Sóc Phương, dâng thư xin về để tiếp tục biên soạn, sau khi được trở về đã hoàn thành 10 ý (kiêng húy Hoàn đế Lưu Chí). Gặp lúc Đổng Trác dời đô, rất nhiều sách vở bị hủy hoại và thất lạc. Năm Kiến An đầu tiên (196) thời Hiến đế, Dương Bưu tiến hành tổng chỉnh lý Hán ký – cũng là lần sau cùng – nhưng không thể tìm lại hay bổ khuyết nhưng văn bản đã mất .
